Bourgeonnante au XVIIe siècle, la botanique s’épanouit au XVIIIe. Dans toute l’Europe, des jardins, des herbiers et des flores germent pour conserver les espèces végétales de l’ancien et du nouveau monde ; les botanistes en décrivent l’apparence comme les intérêts agronomiques et entreprennent leur classification systématique. L’aspiration à un recensement exhaustif des plantes d’un royaume atteint sans doute sa forme ultime avec Flora danica : en 1752, le roi du Danemark, Frédéric V, confie au botaniste allemand Georg Christian Oeder (1728-1791) le projet d’établir une flore scandinave complète. L’œuvre est titanesque ; la publication des 54 fascicules de cet atlas botanique encyclopédique, illustré de 3 240 planches gravées, ne sera achevée qu’en 1883.
En 2019, l’université d’Aalborg a entrepris un nouveau recensement tout aussi exhaustif, dont une synthèse est parue fin 2025 dans la revue Nature : celui des microbes du territoire danois. N’espérez toutefois pas de cette « Microflora danica » qu’elle inspire, à l’instar de son aînée, le décor des services de vaisselle princiers : pour ce nouvel atlas, des centaines de térabits de données de séquençage d’ADN se substituent aux magnifiques illustrations de Flora danica.
Afin de décrire les écosystèmes microbiens de l’eau, des sols et des sédiments danois sous l’angle génomique, plus de 10 000 échantillons ont été collectés, des côtes aux lacs, des forêts aux champs cultivés, des dunes aux tourbières, des prairies aux espaces verts urbains. Les données recueillies sont d’autant plus précieuses que les microbiomes des milieux terrestres étaient jusqu’alors nettement moins échantillonnés que ceux du corps humain ou des océans. Cette représentativité biaisée et lacunaire rendait difficile de démêler les influences respectives du terrain et des interventions humaines.
Cliché à haute résolution
Toutes les données de séquençage issues du projet Microflora danica ont été déposées en accès libre. Un premier jeu d’informations permet d’identifier les espèces et d’estimer leur abondance relative dans chaque échantillon, grâce au séquençage de la même région du génome chez tous les micro-organismes. La richesse de la microflore danoise, invisible à l’œil nu, apparaît alors : en tout, 141 252 espèces de bactéries, 12 447 espèces de champignons microscopiques, microalgues et protozoaires, dont plus de 80 % de nouvelles espèces !
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